Hace casi treinta años, una enorme nave espacial extraterrestre llegó a Johannesburgo (Sudáfrica). La raza humana esperó un ataque hostil o un gran avance en la tecnología. No ocurrió ninguna de las dos cosas. Los alienígenas eran refugiados, los últimos sobrevivientes de su planeta de origen. Al tiempo que las naciones del mundo intentaban ponerse de acuerdo en lo que tenían que hacer con ellos, las criaturas fueron instaladas de forma temporal en un campo de refugiados, el "Distrito 9" de Sudáfrica. El tiempo pasó y la paciencia en cuanto a la situación de los alienígenas se ha agotado. El control sobre los extraterrestres ha sido delegado en la Multi-National United (MNU), una compañía privada que lo que le interesa no es el bienestar de los alienígenas sino las formidables ganancias que les podría reportar su impresionante armamento, en el caso de que pudieran hacerlo funcionar. Hasta el momento no lo han logrado; la activación de las armas requiere ADN alienígena. La tensión entre los extraterrestres y los humanos llega a un punto crítico cuando un operario de campo, Wikus (Sharlto Copley), contrae un misterioso virus.

El origen de "District 9" se remonta a un cortometraje, un falso documental de bajo presupuesto llamado "Alive in Jo’burg" que Neill Blomkamp rodó en un barrio de chabolas de Johannesburgo.